В связи с этим возникает вопрос – а какие налоговики будут выписывать штраф: курирующие головной офис или же – каждое подразделение.

Согласно статье 107 НК, ответственность за совершение налоговых правонарушений несут юрлица и физлица, а филиал или просто обособка никакими лицами не являются. Хоть эти отделения и выполняют кое-какие обязанности по уплате налогов, но все юридически значимые действия должны проводиться налоговым органом только в отношении юрлиц. В том числе ответственность за неисполнение всех обязанностей по уплате налогов, сборов, пеней и штрафов несет юрлицо, в состав которого входит соответствующий филиал (представительство).

Так что штрафовать в случае опрометчивой уточненки должна инспекция по крупнейшим (письмо от 4 февраля 2019 г. N ЕД-4-15/1800).