Расчет по форме 6-НДФЛ сверяется со сведениями по форме 2-НДФЛ и приложениями № 2 к декларации по налогу на прибыль.

Сверка предусмотрена для следующих строк 6-НДФЛ:
• строка 020 по соответствующей ставке должна быть равна сумме строк "Общая сумма дохода" по соответствующей ставке налога справок 2-НДФЛ с признаком 1, и строк 020 по соответствующей ставке налога приложений № 2 к декларации по налогу на прибыль. Если это соотношение не выполняется, то возможно занижена или завышена сумма начисленного дохода;
• строка 025 должна быть равна сумме дохода в виде дивидендов (по коду дохода 1010) справок 2-НДФЛ с признаком 1, и дохода в виде дивидендов (по коду дохода 1010) приложений № 2 к декларации по налогу на прибыль. Если это соотношение не выполняется, то возможно занижена или завышена сумма начисленного дохода в виде дивидендов;
• строка 040 по соответствующей ставке налога должна быть равна сумме строк "Сумма налога исчисленная" по соответствующей ставке налога справок 2-НДФЛ с признаком 1, и строк 030 по соответствующей ставке налога приложений № 2 к декларации по налогу на прибыль. Если это соотношение не выполняется, то возможно занижена или завышена сумма исчисленного налога;
• строка 080 должна быть равна сумме строк "Сумма налога, не удержанная налоговым агентом" справок 2-НДФЛ с признаком 1, и строк 034 приложений № 2 к декларации по налогу на прибыль. Если это соотношение не выполняется, то возможно занижена или завышена сумма налога, не удержанная налоговым агентом;
• строка 060 должна равняться общему количество справок 2-НДФЛ с признаком 1 и приложений № 2 к декларации по налогу на прибыль. Если это соотношение не выполняется, то возможно занижено или завышено количество физических лиц, получивших доход, или не в полном объеме представлена сведения по форме 2-НДФЛ.
Обратите внимание! Для строк 070 и 090 сверка с 2-НДФЛ не предусмотрена. Эти строки сверяются с карточкой расчетов с бюджетом налогового агента (КРСБ НА), которая ведется в налоговом органе на основании данных о поступивших платежах по НДФЛ. Должно выполняться контрольное соотношение: (строка 070 – строка 090) <= уплачено НДФЛ с начала налогового периода по данным КРСБ НА.
Рекомендуем убедиться, что расчет по форме 6-НДФЛ соответствует подготовленным отчетным сведениям по форме 2-НДФЛ.
Итоговые данные по сведениям 2-НДФЛ в программе можно получить с помощью печатной формы документа 2-НДФЛ для передачи в ИФНС – Реестр (дополнительный с 2014 г.)

Итого справок в реестре должно соответствовать строке 060 расчета 6-НДФЛ, общая сумма дохода должна равняться сумме строк 020 по всем ставкам налога , общая сумма налога исчисленная – сумме строк 040 по всем ставкам.